Der ETH-Rat unterstützt seit 2006 vier themenorientierte Kompetenzzentren für interdisziplinäre Forschung, in denen die in den entsprechenden Gebieten tätigen Institutionen eng zusammenarbeiten. Die Kompetenzzentren auf den Gebieten Energie und Mobilität (CCEM), Umwelt und Nachhaltigkeit (CCES), Materialwissenschaften und Technologie (CCMX) sowie biomedizinische bildgebende Verfahren (NCCBI) bilden eine Plattform für die Vernetzung von Grundlagenforschung und angewandter Forschung, um Wirtschaft und Gesellschaft innovative Impulse zu geben und stellen eine Ansprechstelle für externe Anfragen dar.
2010 wandte der ETH-Rat 15 Mio. CHF zur Unterstützung der Kompetenzzentren auf. Er will diese weiter fördern und hat sie entsprechend in seiner strategischen Planung 2012-2016 als wichtige Elemente der Implementierung der fünf thematischen Schwerpunkte verankert. Er wird sich aber ab 2013 stufenweise von seiner Anschubfinanzierung zurückziehen.
