Die Institutionen des ETH-Bereichs arbeiten auf den Gebieten Energie, Umwelt, Materialien und bildgebende Verfahren in vier themenorientierten Kompetenzzentren zusammen. Der ETH-Rat hatte 2006 diese Kompetenzzentren für interdisziplinäre Forschung ins Leben gerufen. Er verankerte sie in seiner Strategischen Planung 2012–2016 als wichtige Elemente zur Umsetzung der strategischen Schwerpunkte. 2012 setzte er 16,1 Mio. CHF für deren Anschubfinanzierung ein. Der ETH-Rat wird die Kompetenzzentren weiter fördern, zieht sich aber ab 2013 stufenweise und zeitlich differenziert von der Anschubfinanzierung der einzelnen Kompetenzzentren zurück.