Die Institutionen des ETH-Bereichs nehmen im Auftrag des Bundes zahlreiche nationale Aufgaben wahr.

Der ETH-Bereich erfüllt neben seinen Kernaufgaben auch zahlreiche nationale Aufgaben. Diese beruhen in vielen Fällen auf einer rechtlichen Grundlage, oder sie sind historisch gewachsene Aktivitäten der Institutionen. Andere Aufgaben des Bundes wurden in der Vergangenheit in den ETH-Bereich integriert und tragen dazu bei, internationale Verpflichtungen zu erfüllen. Als Beispiele sind hier einige dieser Aufgaben genannt.

Der Schweizerische Erdbebendienst (SED) an der ETH Zürich ist als Fachstelle des Bundes ein Partner für Industrie und Behörden auf dem Gebiet der seismischen Überwachung. Der SED beteiligte sich 2010 an der Ausarbeitung des Globalen Erdbebenmodells (GEM) und wurde als Sitz der GEM Facility gewählt. Weitere nationale Aufgaben der ETH Zürich sind u. a. die Konjunkturforschungsstelle, das Nationale Hochleistungsrechenzentrum, die ETH Bibliothek und die ihr angeschlossenen Sammlungen und Archive.

Das Centre de Recherche en Physique des Plasmas der EPFL nimmt Forschungsaufgaben im Rahmen der Schweizer Beteiligung am Projekt ITER/Broader Approach wahr. Es wurde 2010 im Hinblick auf die Neuformulierung der Schweizer Strategie für Fusionsforschung evaluiert.

Das PSI nimmt als Nutzerlabor Aufgaben für die Schweizer Forschungslandschaft wahr. Es betreibt Grossforschungsanlagen wie die Synchrotronlichtquelle, die Neutronenquelle und die Myonenquelle. Das von der WSL betriebene Landesforstinventar ist das wichtigste Instrument zur Beurteilung der Nachhaltigkeit in der Waldbewirtschaftung auf nationaler Ebene. Die WSL führt es in Zusammenarbeit mit dem Bundesamt für Umwelt durch. 2010 publizierte sie den dritten Bericht zu den 2004 bis 2006 erhobenen Daten.

Die Empa betreut gemeinsam mit dem Bundesamt für Umwelt das Nationale Beobachtungsnetz für Luftfremdstoffe. Die Messungen an 16 Standorten in der ganzen Schweiz dienen sowohl der Früherkennung problematischer Luftschadstoffe als auch der Erfolgskontrolle der schweizerischen Umweltpolitik.

Die Eawag betreibt das Schweizer Forschungs- und Dienstleistungszentrum für Ökotoxikologie unter Beteiligung der EPFL. Die Eawag ist für die aquatischen, die EPFL für die terrestrischen Aspekte zuständig.