Le Conseil des EPF soutient depuis 2006 quatre centres de compétences dédiés à la recherche interdisciplinaire et axés sur des thèmes spécifiques, au sein desquels des institutions spécialisées dans les domaines en question collaborent étroitement. Ces centres de compétences, consacrés aux domaines de l’énergie et de la mobilité (CCEM), de l’environnement et de la durabilité (CCES), de la science et de la technologie des matériaux (CCMX) et de l’imagerie biomédicale (NCCBI) constituent une plate-forme permettant de relier recherche fondamentale et recherche appliquée, de manière à stimuler l’innovation dans l’économie et dans la société. Ils servent en outre de point de contact pour les demandes externes.

En 2010, le Conseil des EPF a alloué 15 millions de francs au soutien de ces centres de compétences. Il entend continuer à leur apporter son appui et les a définis, dans son Plan stratégique 2012-2016, comme des éléments importants de la mise en œuvre des cinq priorités thématiques. Il retirera toutefois progressivement ses financements d’aide au démarrage à partir de 2013.