Susan Gasser studierte Biologie und Biophysik an der University of Chicago und promovierte an der Universität Basel. Ab 1986 war sie als Gruppenleiterin am Swiss Institute for Experimental Cancer Research (ISREC) der EPFL tätig, bis sie 2001 als ordentliche Professorin an die Universität Genf berufen wurde. Von November 2004 bis März 2019 war sie Direktorin des Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research (FMI) und ist seit 2005 ausserdem ordentliche Professorin für Molekularbiologie an der Universität Basel. Seit März 2019 leitet sie ihre Forschungsgruppe am FMI. Gasser ist Mitglied im wissenschaftlichen Beirat des Max-Planck-Instituts für biophysikalische Chemie, des Francis Crick Institute in London und des European Molecular Biology Laboratory (EMBL) in Heidelberg. Beim Schweizerischen Nationalfonds (SNF) präsidiert sie die Gleichstellungskommission.