Susan Gasser studierte Biologie und Biophysik an der University of Chicago und promovierte an der Universität Basel. Ab 1986 war sie als Gruppenleiterin am Swiss Institute for Experimental Cancer Research (ISREC) der EPFL tätig, bis sie 2001 als ordentliche Professorin an die Universität Genf berufen wurde. Von November 2004 bis März 2019 war sie Direktorin des Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research (FMI) in Basel. Gasser war zudem ordentliche Professorin für Molekularbiologie an der Universität Basel seit 2005 und ist seit 2021 Gastprofessorin an der Universität Lausanne. Seit Februar 2021 ist die Direktorin der ISREC Stiftung und des AGORA Forschungszentrums. Gasser ist Vorsitzende des strategischen Beirats der Gesundheitszentren (Forschungsbereich Gesundheit) der Helmholtz-Gemeinschaft sowie Beiratsmitglied des Francis Crick Instituts in London und des Europäischen Laboratoriums für Molekularbiologie (EMBL) in Heidelberg. Von 2014 bis 2019 präsidierte sie die Gleichstellungskommission des Schweizerischen Nationalfonds (SNF).