Les institutions du Domaine des EPF accomplissent de nombreuses tâches sur le plan national confiées par la Confédération.

Outre ses tâches de base, le Domaine des EPF satisfait à de nombreux mandats nationaux, souvent fondés sur une base juridique ou intégrés avec le temps aux activités des institutions. D’autres tâches de la Confédération sont passées dans le giron du Domaine des EPF et impliquent l’accomplissement d’obligations sur le plan international. Seules quelques-unes sont citées ici.

L’«Atlas de la Suisse» de l’ETH Zurich est disponible en ligne depuis juin 2016. Cette version en ligne contient une multitude de représentations cartographiques en 3D. Réaliser des visualisations intuitives, qui fonctionnent tant en 2D qu’en 3D, a été un véritable défi. L’«Atlas de la Suisse – en ligne» a été développé à l’Institut de cartographie et de géoinformation de l’ETH Zurich, en étroite collaboration avec les offices fédéraux de topographie, de la statistique et de l’environnement, ainsi que quelque 70 autres institutions.

Le Swiss Plasma Center (SPC) de l'EPFL joue un rôle important sur le plan national et international dans le développement de la fusion contrôlée en tant que source d'énergie utilisable.

En novembre 1996, le Centre de protonthérapie du PSI a été le premier centre au monde à traiter un patient cancéreux à l’aide d’un tout nouveau procédé de radiothérapie: la technique de protonthérapie dite de «spot-scan». Dans la cadre de cette technique, un faisceau-crayon de protons balaie avec précision les tumeurs dans les organes et détruit ainsi les cellules tumorales sans endommager les tissus sains adjacents. Cette méthode, développée par des chercheurs du PSI, était alors une véritable révolution, et elle est rapidement devenue un succès. Aujourd’hui, le spot-scan est devenu le procédé standard en protonthérapie à l’échelle mondiale. Au centre de protonthérapie du PSI, cette technique a été utilisée systématiquement, et avec beaucoup de succès, pour traiter plus de 1 200 patients cancéreux ces vingt dernières années.

Avec l’entrée en vigueur, le 1 janvier 2017, de la modification de l’Ordonnance sur les forêts, une activité de longue date du WSL est redevenue une prérogative nationale. La recherche dédiée aux réserves forestières, ou plus exactement aux processus de développement des réserves forestières naturelles sur le long terme, est repassée dans le giron du WSL et de l’OFEV. La Confédération entend ainsi contrôler sa politique en matière de réserves. Elle soutient depuis 1991 la création de réserves forestières naturelles dans le cadre de sa stratégie «biodiversité en forêt». Les réserves forestières naturelles sont et restent ainsi de formidables laboratoires à ciel ouvert, où on peut étudier, par exemple, le développement des forêts et la biodiversité.

Avec l’Office fédéral de l’environnement, l’Empa encadre le Réseau national d’observation des polluants atmosphériques. Des mesures réalisées sur 16 sites de Suisse permettent la détection précoce de polluants, ainsi que le contrôle des résultats de la politique environnementale suisse.

À la demande de la division Radioprotection de l’Office fédéral de la santé publique (OFSP), l’Eawag surveille continuellement la radioactivité des systèmes aquatiques grâce à son laboratoire Gamma et participe avec le WSL et l’OFEV à la surveillance nationale continue des cours d’eau suisses (NADUF) qui observe l’évolution des concentrations et des flux de substances dans certains cours d’eau suisses. Le NADUF suit l’évolution des contenus des eaux dans certaines rivières suisses.