La planification financière et la planification des investissements à plus long terme, l'allocation des fonds approuvés par les Chambres fédérales aux deux EPF et aux quatre établissements de recherche, l’instauration de directives budgétaires ainsi que l’élaboration du budget consolidé et des comptes consolidés du Domaine des EPF constituent les principales missions du Conseil des EPF.

Planification financière et planification des investissements

Le Conseil des EPF calcule le montant des crédits nécessaires à la mise en œuvre des objectifs et des projets stratégiques dans le cadre de l’élaboration de son Plan stratégique. La participation du  Conseil des EPF ainsi que la consultation des deux EPF et des quatre établissements de recherche est requise lors de la préparation des objectifs stratégiques (jusqu'en 2016: mandat de prestations) assignés par le Conseil fédéral au Domaine des EPF. Chaque année, le Conseil des EPF fournit au Département fédéral de l’économie, de la formation et de la recherche (DEFR) les chiffres relatifs au budget et au plan financier, qui sont établis sur la base de la budgétisation et de la planification financière en continu de la Confédération, ainsi qu'en fonction des objectifs stratégiques assignés par le Conseil fédéral au Domaine des EPF et de l’enveloppe budgétaire (tranches annuelles comprises), dans le respect des directives du Conseil fédéral, du Département fédéral des finances (DFF) et du DEFR.

Allocation des ressources et directives budgétaires

Le Conseil des EPF passe avec les deux EPF et les quatre établissements de recherche des conventions d’objectifs d’une durée de quatre ans, qui sont fonction des objectifs stratégiques et de l’enveloppe budgétaire; il répartit les fonds accordés par la Confédération en se fondant notamment sur les demandes de crédits émanant des deux EPF et des quatre établissements de recherche. L’allocation annuelle des ressources doit s'aligner sur les crédits de paiement approuvés par les Chambres fédérales.

Le Conseil des EPF lance le processus annuel d’établissement du budget en s’appuyant sur les directives budgétaires, tout en tenant compte des dépenses et des investissements prévus dans le secteur immobilier. Ces directives fournissent aux deux EPF et aux quatre établissements de recherche le cadre matériel et formel nécessaire à l’élaboration de leur budget (compte de résultats, compte des investissements et tableau de financement).

Budget et comptes

Le Conseil des EPF établit le budget annuel consolidé ainsi que les comptes annuels consolidés du Domaine des EPF (avec bilan et compte de résultats) conformément aux normes IPSAS.

Le Conseil des EPF soumet la proposition de budget et les comptes au DEFR, qui les transmet au Conseil fédéral.

L’Administration fédérale des finances et le Domaine des EPF concluent une convention de trésorerie. Le trafic des paiements du Domaine des EPF se fait par l’intermédiaire de comptes ouverts auprès d’instituts financiers de droit public ou privé.