En vertu de l'article 18 de son règlement, le Conseil des EPF a créé deux comités, un comité d'audit (audit committee) et un comité de gestion (executive committee).

Comité d'audit

Le comité d’audit et le comité de gestion assistent le Conseil des EPF dans ses tâches. Le comité d’audit assiste le Conseil des EPF dans la surveillance financière ainsi que la surveillance de la gestion des risques, du système de contrôle interne et de la révision. Il est en général formé de trois membres du Conseil des EPF indépendants de la direction, mais peut englober d’autres personnes avec voix consultative. Le responsable de l’audit interne et le responsable des finances au sein de l’état-major du Conseil des EPF participent aux séances. Le comité d'audit est présidé par Beth Krasna, membre du Conseil des EPF.

Comité de gestion

À la demande du Conseil des EPF, le comité de gestion prépare à son intention des variantes stratégiques pour des points à traiter à l'ordre du jour des prochaines séances. Il soutient le Conseil des EPF en ce qui concerne les nominations aux postes de direction, les questions relatives au personnel (conditions d'emploi, mesures salariales annuelles, prévoyance professionnelle) et le maintien des contacts avec les partenaires sociaux. Le comité de gestion se compose du président du Conseil des EPF, des présidents de l'ETH Zürich et de l'EPFL, du représentant des établissements de recherche et du représentant des assemblées d'école des deux EPF. Il est présidé par Fritz Schiesser, président du Conseil des EPF.